Geneza powstania w Polsce pierwszego stowarzyszenia zrzeszającego muzea działające w strukturach wyższych uczelni sięga 2012 roku. Wówczas to projekty i zamysły muzealników uczelnianych jawiące się do tej pory w sferze wyłącznie wirtualnych idei zaczęły przekształcać się w realne działania. Pewnego rodzaju iskrą stała się współpraca między dr. Hubertem Kowalskim z Muzeum Uniwersytetu Warszawskiego, dr Magdaleną Grassmann z Muzeum Historii Medycyny i Farmacji Uniwersytetu w Białymstoku i dr. Markiem Bukowskim z Muzeum Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. W wyniku prowadzonych rozmów, skala rozpropagowywania idei Stowarzyszenia zataczała coraz szersze kręgi. W czerwcu 2012 roku doszło do pierwszego spotkania przedstawicieli polskich muzeów uczelnianych. Funkcję gospodarza spotkania przyjął na siebie dr Andrzej Ulmer – kierownik Muzeum Politechniki Warszawskiej. Na zaproszenie odpowiedzieli muzealnicy z Białegostoku, Poznania, Krakowa, Gdyni, Gdańska i Warszawy. W trakcie pierwszego spotkania dyskutowano na temat możliwości prowadzenia wspólnych działań i zacieśnienia współpracy pomiędzy jednostkami. Rezultatem pierwszego spotkania było powołanie nieformalnego projektu „Muzea Uczelniane”. Do kolejnego spotkania doszło w murach Uniwersytetu Warszawskiego.
 
Skutkiem prowadzonych obrad było uruchomienie strony internetowej muzeauczelniane.pl. Równocześnie z powstaniem strony zapoczątkowane zostały prace nad wspólną objazdową wystawą planszową zatytułowaną „Muzea Uczelniane – Jesteśmy”. W ten sposób zebrany został materiał prezentujący działalność oraz zbiory poszczególnych Muzeów. Zaś główną ideą ekspozycji stało się rozpropagowanie muzeów uczelnianych na terenie całego kraju. Wystawa rozpoczęła swoją podróż po miastach Polski w listopadzie 2013 roku, jest nadal prezentowana w kolejnych miastach, siedzibach muzeów uczelnianych (Warszawa, Białystok, Gdańsk, Gdynia, Poznań, Rzeszów, Opole, Kraków). Ekspozycji towarzyszy wydawnictwo prezentujące dziedzictwo akademickie pierwszych uczelni, które zgłosiły swój akces do Stowarzyszenia. Po ponad roku od jego ukazania się, cieszy się niesłabnącym zainteresowaniem zwiedzających, jak cenny informator dotyczący polskich muzeów uniwersyteckich. Planowane jest drugie wydanie uzupełnione jak również jego przekład na język angielski.
 
Rok po pierwszym spotkaniu, w Muzeum Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie doszło do IV spotkania grupy roboczej przedstawicieli Muzeów Uczelnianych. Na zaproszenie Karoliny Grobelskiej udział w spotkaniu wzięli dr hab. Piotr Majewski, dyrektor NIMOZ-u oraz profesor Dorota Folga-Januszewska przewodnicząca Polskiego Komitetu Narodowego ICOM. Wspólne doświadczenia przedstawicieli Muzeów Uczelnianych po dwóch latach działań w ramach projektu spowodowały podjęcie w dniu 28 maja 2014 roku decyzji o powołaniu Stowarzyszenia Muzeów Uczelnianych.
 

Najważniejszym celem Stowarzyszenia jest działalność na rzecz rozwoju muzeów uczelnianych oraz zachowania dziedzictwa akademickiego poprzez jego ochronę, upowszechnianie, promocję, a także wspieranie gromadzenia, dokumentowania i konserwacji zabytków, inicjowanie i prowadzenie badań naukowych.Prowadzona jest szeroko zakrojona działalność informacyjna, propagująca ideę muzealnictwa uczelnianego na terenie Polski jak też poza jej granicami. W 2015 roku przedstawiciele Stowarzyszenia wzięli udział w I Kongresie Muzealników w Łodzi. Stowarzyszenie prowadzi stałą współpracę z Narodowym Instytutem Muzealnictwa i Ochrony Zbiorów mającą na celu popularyzację idei kolekcji uczelnianych, zwrócenie uwagi na ich szczególną specyfikę, jak również na stałe podnoszenie poziomu merytorycznego muzeów uczelnianych i ich pracowników. O idei i działalności Stowarzyszenia jego członkowie informują również podczas licznych konferencji naukowych oraz wyjazdów szkoleniowych. W sierpniu 2015 roku nawiązano współpracę z muzeami uniwersyteckimi w północnych Włoszech. Już wcześniej informację o współpracy polskich muzeów uczelnianych i idei powołania organizacji je stowarzyszającej przedstawiono podczas obrad Zgromadzenia Generalnego European Academic Heritage Network UNIVERSUEM (w Walencji w 2013 i Hamburgu 2014 r.). Ponadto działalność Stowarzyszenia jest przedmiotem stałej korespondencji z UMAC. Również w 2016 roku planowane jest przedstawienie Stowarzyszenia Muzeów Uczelnianych na forum obrad w/w organizacji oraz udostępnienie bieżących informacji o pracy muzeów uczelnianych poprzez ich strony internetowe.
 
Idea powołania Stowarzyszenia skupiającego wąskie grono muzealników uczelnianych w Polsce jest doceniana przez różne środowiska naukowe i kulturalne. W 2015 roku Stowarzyszenie odebrało wyróżnienie w kategorii „Najlepszy muzealny projekt otwarty” w IX konkursie „Mazowieckie Zdarzenia Muzealne – Wierzba” organizowanym przez Mazowiecki Oddział Stowarzyszenia Muzealników Polskich.
 
Stowarzyszenie skupia obecnie 25 muzeów:
 
Muzeum Akademii Górniczo-Hutniczej i Ośrodka Techniki w Krakowie
Muzeum Akademii Morskiej w Gdyni
Muzeum Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie
Muzeum Farmacji Wydziału Farmaceutycznego Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu
Muzeum Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego
Muzeum Geologiczne im. Stanisława Józefa Thugutta, Wydział Geologii UW
Muzeum Geologiczne Uniwersytetu Łódzkiego
Muzeum Gleb Uniwersytetu Rolniczego im. Hugona Kołłątaja w Krakowie
Muzeum Historii Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II
Muzeum Historii Medycyny i Farmacji Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku
Muzeum Historii Medycyny Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego
Muzeum Politechniki Krakowskiej
Muzeum Politechniki Opolskiej i Lamp Rentgenowskich
Muzeum Politechniki Warszawskiej
Muzeum Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
Muzeum Wydziału Nauk o Ziemi Uniwersytetu Śląskiego w Sosnowcu
Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego
Muzeum Uniwersyteckie Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego
Muzeum Uniwersytetu Medycznego im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu
Muzeum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu
Muzeum Uniwersytetu Opolskiego
Muzeum Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu
Muzeum Uniwersytetu Rzeszowskiego
Muzeum Uniwersytetu Warszawskiego
Muzeum Uniwersytetu Wrocławskiego